Facture manquante en comptabilité : quels risques et que faire ?

Vous effectuez votre rapprochement bancaire et constatez qu’aucune facture ne correspond à l’une de vos dépenses ? Votre comptable vous réclame des justificatifs à l’approche de la clôture ? La facture manquante en comptabilité est un problème courant, mais qu’il est important de traiter.

Facture perdue, illisible, jamais envoyée par le fournisseur ou reçue après la clôture : la marche à suivre dépend de la situation. Dans tous les cas, mieux vaut agir rapidement pour justifier la dépense, sécuriser vos déclarations fiscales et fiabiliser votre comptabilité.

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Pourquoi la facture est-elle indispensable pour justifier mes achats professionnels ?

Entre professionnels, la facture est obligatoire. Le fournisseur doit la délivrer dès la réalisation de la vente ou de la prestation (article L441-9 du Code de commerce, article 289 du CGI).

La facture remplit différentes fonctions : 

• Rôle comptable : c’est la pièce justificative de chaque écriture d’achat ou de vente. 
• Rôle fiscal : elle conditionne la déduction de la TVA (article 271 du CGI) et justifie la déduction des charges du résultat imposable.
• Rôle juridique : elle atteste d’une créance ou d’une dette entre l’entreprise et ses fournisseurs ou clients.

En tant que pièce comptable, une facture doit être conservée pendant 10 ans au titre du Code de commerce. Sur le plan fiscal, la loi du 25 juin 2026 porte également le délai de conservation à 10 ans pour les documents et pièces dont le délai expire après le 1er janvier 2027 (contre 6 ans auparavant).

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Quels sont les risques en cas de facture manquante ?

Impact comptable

Une facture manquante complique la préparation du bilan comptable, du compte de résultat et de la clôture comptable. Plus fondamentalement, elle fragilise la justification des dépenses et compromet la fiabilité de la comptabilité.

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Conséquences fiscales

Lors d'un contrôle fiscal, la DGFiP remet en cause la déduction de TVA ou de la charge si aucun justificatif n'est produit. Le redressement peut entraîner un supplément d’impôt assorti d’intérêts de retard, voire de majorations si l’administration établit un manquement délibéré.

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Risque juridique

L’obligation de facturer pèse d’abord sur le fournisseur. Cependant, en cas de défaut de facturation, le client professionnel est solidairement tenu au paiement de l’amende prévue : 50 % du montant si l’opération n’a pas été comptabilisée ou 5 % lorsqu’elle l’a été, dans les limites prévues par la loi.

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Que faire en cas de facture manquante pour la comptabilité ?

Cas nº 1 : la facture a été reçue, puis perdue

Premier réflexe : recherchez la facture dans vos e-mails, votre logiciel de gestion, votre espace fournisseur ou votre plateforme de facturation électronique. Si le document reste introuvable, contactez le fournisseur et demandez-lui de vous transmettre un duplicata de la facture d’origine. 

❌ À ne jamais faire : recréer vous-même la facture de votre fournisseur.

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Cas nº 2 : le fournisseur n’a jamais envoyé la facture

Vous avez payé, mais vous n’avez pas de facture ? La loi est claire : le fournisseur doit délivrer la facture dès la livraison ou la prestation, et l’acheteur est tenu de la réclamer.

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Voici les démarches à effectuer : 

• Relancez le fournisseur par écrit et conservez la trace de vos demandes.
• Adressez une mise en demeure en recommandé si les relances restent sans effet.
• En dernier recours, vous pouvez saisir la juridiction compétente (généralement le tribunal de commerce pour un litige commercial entre professionnels) pour demander la délivrance de la facture, éventuellement sous astreinte.

✔️ Le bon réflexe : conserver les autres éléments liés à l’opération (devis, contrat, attestation sur l’honneur, etc.).

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Cas nº 3 : le justificatif fourni est incomplet ou illisible

Une facture doit comporter les mentions obligatoires prévues par la réglementation et permettre d’identifier clairement l’opération. Si elle est illisible ou comporte une erreur importante, demandez au fournisseur de vous transmettre une facture rectificative qui fait référence à la facture initiale. 

Toute irrégularité n’entraîne toutefois pas automatiquement la perte du droit à déduction de TVA. Une omission ou une inexactitude mineure peut être admise si la réalité de l’opération est établie, que le montant de TVA est présent et que les autres conditions de déduction sont remplies.

❌ À ne jamais faire : modifier vous-même le document.

✔️ Le bon réflexe : numériser immédiatement les tickets de caisse thermiques, susceptibles de s’effacer avec le temps.

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Cas nº 4 : le fournisseur a cessé son activité ou reste introuvable

Consultez d’abord l’annuaire des entreprises ou le BODACC. En cas de liquidation judiciaire, adressez votre demande au liquidateur désigné.

Constituez un faisceau de preuves pour justifier l’achat sans facture : bon de commande, devis signé, contrat, bon de livraison, échanges d’e-mails, relevé bancaire montrant le débit.

Ces documents contribuent à prouver la réalité de la charge, à l’appréciation de l’administration fiscale. En revanche, la situation reste problématique pour la déduction de la TVA, qui suppose de disposer d’une facture (ou équivalent) faisant apparaître la taxe.

✔️ Le bon réflexe : contacter son expert-comptable pour déterminer le traitement comptable à privilégier au regard des justificatifs disponibles.

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Cas nº 5 : la facture est reçue après la clôture de l’exercice

Une facture peut être absente à la clôture sans être réellement perdue.

🔎 Exemple : une agence termine une prestation pour votre entreprise le 20 décembre. Au 31 décembre, le travail est réalisé mais le fournisseur n’a pas encore envoyé sa facture.

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La charge concerne bien l’exercice qui se termine. Si son montant peut être estimé de façon suffisamment fiable, elle doit être rattachée à cet exercice. Elle est alors comptabilisée en tant que facture non parvenue (FNP). La FNP est une écriture d’inventaire qui permet de rattacher la charge à l’exercice auquel elle se rapporte.

Comment éviter les factures manquantes en comptabilité ?

Centraliser la collecte des factures fournisseurs

Les factures manquantes sont souvent la conséquence d’une collecte éclatée : boîtes mail personnelles, courriers papier, espaces clients multiples…

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Différents leviers permettent d’optimiser la collecte des factures fournisseurs : 

• adresse mail de réception unique ;
• plateforme de gestion intégrée avec collecte automatisée sur les espaces clients ;
• application mobile facilitant le scan des justificatifs papier.

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Rapprocher chaque semaine la banque, la comptabilité et les factures

Un rapprochement bancaire régulier permet d’identifier rapidement les opérations qui ne disposent d’aucun justificatif. Vous pouvez ainsi relancer le fournisseur quelques jours après le paiement, plutôt que de découvrir le problème plusieurs mois plus tard au moment de la clôture.

Le lettrage régulier des comptes fournisseurs, qui rapproche les factures de leurs règlements, permet également de repérer plus facilement les pièces manquantes ou les transactions encore non justifiées.

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S’appuyer sur la facturation électronique

Avec la réforme de la facturation électronique, la réception des factures fournisseurs se déplace progressivement vers les plateformes agréées.

Cette nouvelle organisation réduit le risque de factures manquantes. En effet, les avantages de la facturation électronique incluent une traçabilité renforcée et un archivage plus sécurisé des factures. Le risque de perte ou d’interception est ainsi réduit. De plus, les plateformes agréées contrôlent les factures avant envoi, ce qui limite les erreurs.

✔️ Une solution de gestion comme Kolecto permet de tirer parti de la facturation électronique tout en centralisant la collecte des justificatifs et en automatisant le rapprochement bancaire. Découvrez notre module de gestion des achats.

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Comment comptabiliser une facture manquante ?

En cours d’exercice : le compte d’attente

Lorsqu’un débit bancaire ne peut pas encore être imputé avec certitude faute de justificatif ou d’informations suffisantes, il peut être enregistré provisoirement dans un compte d’attente (471).

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À réception de la facture, l’opération est reclassée dans le bon compte de charge. Pour choisir ce compte, consultez notre guide sur le plan comptable.

🔎 Exemple : un prélèvement de 360 € intervient le 10 mars, sans justificatif. La facture de fournitures (300 € HT + 60 € de TVA) arrive le 25 mars.

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Le compte d’attente doit être régularisé avant la clôture : les opérations qui y figurent encore doivent être reclassées dans les comptes appropriés.

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À la clôture : l’écriture de FNP

Une charge se rattache à l’exercice où la prestation a eu lieu, pas à celui où la facture arrive. C’est le principe d’indépendance des exercices. Ainsi, une facture reçue après la clôture de l’exercice doit être enregistrée en tant que facture non parvenue (FNP). 

🔎 Exemple : une prestation de maintenance de 1 000 € HT est réalisée en décembre. La facture arrive le 15 janvier.

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À l’ouverture du nouvel exercice, l’écriture est extournée. La facture définitive est ensuite enregistrée normalement.

La TVA transite par le compte 44586 car elle n’est pas encore déductible. Elle ne le devient qu’à réception de la facture, à condition qu’elle soit devenue exigible chez le fournisseur.

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Sans facture définitive : l’écriture comptable d’achat sans facture

Si la facture reste introuvable mais que la dépense est suffisamment justifiée par d’autres pièces, la TVA non déductible est intégrée au coût de l’achat. La dépense est donc enregistrée pour son montant TTC, au débit du compte de charge concerné et, selon la situation, au crédit du compte 401 « Fournisseurs » ou du compte 512 « Banque ».

La déductibilité de la charge dépend des justificatifs disponibles : bon de commande, devis ou contrat, bon de livraison, échanges avec le fournisseur et preuve de paiement peuvent notamment contribuer à établir la réalité et le montant de la dépense.

En résumé, une facture manquante n’est pas systématiquement synonyme de problème fiscal. Elle doit en revanche être identifiée, documentée et traitée rapidement. Une collecte centralisée, des rapprochements bancaires réguliers et un archivage fiable permettent d’éviter les recherches de dernière minute. La facturation électronique renforce également la traçabilité d’une partie croissante des achats B2B.