Archivage électronique des factures : obligations et solutions pour se mettre en conformité

À partir du 1er septembre 2026, les entreprises devront respecter l’obligation de facturation électronique. Ce nouveau dispositif va modifier en profondeur les pratiques des entrepreneurs et les échanges en B2B. Dans ce contexte, l’archivage électronique des factures devient un enjeu important. Mais quelles sont les obligations légales et comment se préparer ? 

Les points à retenir : 

• L’archivage électronique devient un nouvel enjeu pour les entrepreneurs dans le cadre de la réforme qui démarre au 1er septembre 2026.
• Plus qu’une contrainte liée à des changements de pratiques, l’archivage électronique présente de nombreux avantages pour les professionnels (sécurité, gain de temps, traçabilité…). 
• Délais légaux, principes, sanctions… Découvrez l’étendue du nouveau dispositif.
• Mettez-vous en conformité en sélectionnant une plateforme agréée (anciennement PDP), adaptée à votre entreprise.

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Qu’est-ce que l’archivage des factures électroniques ?

L’archivage électronique désigne la conservation sécurisée et durable de documents au format numérique. Il regroupe plusieurs étapes essentielles : la collecte, le classement, le stockage et la consultation des documents archivés lorsque cela est nécessaire.

En facturation, l’archivage électronique n’est pas le simple fait de conserver vos factures PDF sur un disque dur dédié à votre activité. Avec la réforme, l’archivage numérique bouleverse profondément les pratiques d’échange entre professionnels. 

Cela concerne plusieurs étapes du cycle de vie d’une facture : 

• Création de la facture sur une solution légale.
• Édition de la facture automatisée avec un format structuré reconnu par les autorités (Factur-x, UBL, CII).
• Transmission et réception de la facture via la plateforme agréée.
• Paiement et archivage de la facture par le client.

Vous l’avez compris, la facturation électronique, c’est plus qu’un échange par mail. Ce sont des formats structurés qui s’échangent de systèmes à systèmes. En tant qu’entrepreneur, si vous utilisez déjà un logiciel de facturation, rien ne change vraiment : il faut simplement vérifier que votre outil fasse des factures conformes et qu’il soit « solution compatible » en s'adaptant à une plateforme agréée. Ensuite, vous créez vos factures comme d’habitude. La grosse différence, c’est que vous n’avez plus besoin d’imprimer et de prévoir un espace de stockage physique. 

Contrairement au stockage papier traditionnel, souvent contraignant et chronophage, archiver électroniquement permet de conserver les factures de manière sécurisée, conforme et facilement accessible. Cela facilite la recherche d’un document, réduit les risques de perte et garantit une meilleure traçabilité des échanges et des données comptables.

Ces nouveaux procédés s’inscrivent dans le cadre de la réforme de la facturation électronique qui démarre au 1er septembre 2026. Retrouvez le tableau ci-dessous pour savoir si vous êtes concerné ou pas par la facturation électronique :

🔎  Rappel : les micro-entrepreneurs en franchise de base de TVA sont tout de même assujettis. Elles sont donc concernées dès le 1er septembre 2026, date à laquelle elles devront pouvoir recevoir des factures électroniques.

🔎 Comprendre : le e-invoicing correspond à l’échange obligatoire de factures électroniques entre professionnels, tandis que le e-reporting consiste à transmettre à l’administration fiscale certaines informations de transaction et de paiement non couvertes par le e-invoicing.

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Quelles sont les obligations en matière d’archivage des factures électroniques ?

Délais légaux de conservation

La facture électronique concerne également l’archivage. Le nouveau dispositif ne change pas les délais légaux, à savoir : 

• Il est obligatoire de conserver ses documents pendant 6 ans pour répondre aux exigences de l’administration fiscale (selon l’article L102 B du Livre des procédures fiscales).
• Il est obligatoire de conserver les factures pendant 10 ans en comptabilité selon l’article L 123-22 du Code de commerce.
  En clair, il vaut mieux conserver chaque document légal pendant 10 ans pour ne prendre aucun risque !

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Les 3 principes de l’archivage électronique

L’article 289 du Code Général des Impôts (CGI) stipule que pour être conforme, l’archivage d’une facture électronique doit respecter trois principes : 

• L’authenticité de l’origine : la facture doit bien être émise par l’entité qui la déclare (Kbis, Siret, TVA, adresse…).
• L’intégrité du contenu : la facture ne peut être modifiée après émission et doit comporter les mentions obligatoires.
• La lisibilité de la facture : les logiciels spécialisés ou les personnes doivent pouvoir lire et comprendre cette facture.

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La piste d’audit fiable

La piste d’audit fiable (PAF) concerne les entreprises qui utilisent des factures papier ou des factures électroniques non sécurisées, c’est-à-dire ne reposant ni sur l’EDI ni sur un scellement/signature électronique certifié eIDAS. C’est un dispositif permettant de garantir l’authenticité, l’intégrité et la traçabilité des factures grâce à des contrôles internes documentés reliant chaque facture à l’opération réalisée. 

Elle regroupe donc tous les documents en lien avec le cycle de la transaction (bons de livraison ou de commande, justificatif de paiement…). Les entreprises doivent conserver les éléments permettant de documenter leur piste d’audit fiable et de relier les factures aux opérations réalisées.

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Les sanctions en cas de non respect 

Des sanctions s’appliquent si vous ne pouvez pas présenter une facture à l’administration lors d’un contrôle ayant lieu dans les 6 ans suivant l’émission de cette facture. Ces sanctions peuvent varier : 

• Amende allant jusqu’à 10 000 €.
• Exclusion des marchés publics.
• Rejet de comptabilité.

Quels sont les avantages de l’archivage électronique des factures ?

Les nouvelles règles pour archiver ne doivent pas être vues comme une contrainte. Au contraire, il faut plutôt apprécier les avantages de la facturation électronique pour votre activité. Voici lesquels : 

• Valeur probante : si elle respecte bien les 3 principes fondamentaux, une facture électronique conserve la même valeur probante qu’une facture classique.
• Centralisation : grâce à l’automatisation, toutes vos factures sont centralisées au sein d’un seul et même outil.
• Gain de temps et d’espace : forcément, vous gagnez du temps et de l’espace car chaque document se retrouve en un clic, sans avoir besoin d’affréter un lieu à vos archives.
• Sécurisation des données : avec l’archivage électronique, pas de perte ou de falsification des informations.
• Accès contrôlé : vous obtenez une meilleure confidentialité des informations.
• Diminution des coûts : vous réduisez l’espace de votre local ou l’utilisez à d’autres fins et vous avez moins d’impressions à faire (papier, encre, machines à entretenir…).

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Comment archiver ses factures électroniques ?

Gestion électronique des documents ou système d’archivage électronique

Vous avez peut-être entendu parler de la gestion électronique des documents (GED) ou du système d’archivage électronique (SAE). Mais avec l’arrivée de la facturation électronique, ce ne sera pas suffisant !

Une GED ou un SAE permettent de stocker et d’organiser des fichiers numériques mais on l’a vu, la réforme de la facturation électronique impose aussi des contraintes fiscales et des conditions de traçabilité strictes. Par exemple, une GED classique ne couvre pas forcément l’intégrité, la traçabilité ou la conservation légale. 

Quant au SAE, il répond davantage aux normes d’archivage sécurisé mais il ne gère pas forcément les flux réglementaires (émission, réception, e-reporting, interopérabilité avec les plateformes agréées, etc.).

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S’inscrire à une plateforme agréée pour respecter les normes

💡 Astuce : retrouvez notre Top 8 des meilleures plateformes de facturation électronique pour vous aider à faire votre choix !

Kolecto regroupe en un seul outil tout ce dont vous avez besoin : vous bénéficiez ainsi de l’automatisation, la sécurisation et la centralisation de vos factures. La durée d’archivage légal est aussi respectée puisque vous pouvez conserver vos documents pendant 10 ans.

Opter pour la solution Kolecto, c’est le meilleur moyen d’anticiper la réforme de la facturation électronique : 

• Vos factures arrivent plus vite, vous gagnez en fluidité.
• Moins d’erreurs, moins de paperasse, plus d’efficacité.
• Une trésorerie plus claire, des paiements mieux maîtrisés.

💡 Incluse dans tous ses forfaits, la plateforme agréée de Kolecto est à 0 € pour tous les auto-entrepreneurs jusqu’au 30 juin 2026 (voir conditions sur https://www.kolecto.fr/tarifs) !

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FAQ

L’archivage électronique des factures est-il obligatoire ?

Avec la généralisation progressive de la facturation électronique, les professionnels concernés devront conserver leurs factures électroniques dans des conditions garantissant leur authenticité, leur intégrité et leur lisibilité pendant la durée légale de conservation.

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Peut-on supprimer les factures papier ?

Le passage à la facturation électronique implique de pouvoir se séparer des factures papier si toutes vos opérations entrent dans le champ du e-invoicing. En revanche, les autres transactions peuvent toujours faire l’objet de factures papier.

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Quels sont les 3 principes de l’archivage des factures électroniques ?

Le CGI stipule que pour être conforme, l’archivage doit respecter trois principes : 

• L’authenticité de l’origine : la facture doit bien être émise par l’entité qui la déclare (Kbis, Siret, TVA, adresse…).
• L’intégrité du contenu : la facture ne peut être modifiée après émission et doit comporter les mentions obligatoires.
• La lisibilité de la facture : les logiciels spécialisés ou les personnes doivent pouvoir lire et comprendre cette facture.

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Combien de temps conserver ses factures ?

L’administration fiscale exige de les conserver pendant 6 ans tandis que le Code du commerce exige de les conserver pendant 10 ans.

En conclusion, retenez que la réforme de la facturation électronique prévue dès le 1er septembre 2026, rend l’archivage électronique incontournable pour les entreprises. Mais plus qu’une conformité réglementaire, il permet de sécuriser les données, gagner du temps et simplifier la gestion des factures. Anticiper dès maintenant ces nouvelles obligations avec une plateforme agréée adaptée à vos besoins est le meilleur moyen d’aborder sereinement cette transition.