Facturation électronique pour les auto-entrepreneurs : obligations, prix et calendrier de mise en place

La numérisation des entreprises est en marche : le 1er septembre 2026, les auto-entrepreneurs devront passer à la facturation électronique pour leur activité. Mise en place par l’Etat, la réforme va profondément modifier les pratiques d’échanges et de transactions entre professionnels. Mais comment savoir à partir de quand on est concerné en tant qu’auto-entrepreneur ? Calendrier, obligations, choix de plateforme agréée (PA)... On vous aide à tout comprendre à la réforme de facturation électronique !

Les points à retenir : 

• La facture électronique n’est pas une facture dématérialisée au format PDF mais une facture envoyée via une PA.
• Tous les auto-entrepreneurs assujettis à la TVA (y compris ceux qui sont en franchise de base) sont concernés par la réforme de la facturation électronique dès septembre 2026 en France.
• Retrouvez le calendrier détaillé avec les dates-clés de la réforme pour 2026 et 2027.
• Nouvelles mentions légales, sanctions, erreurs à éviter… Retrouvez comment vous mettre en conformité avant septembre 2026 avec votre entreprise.
• Format de facturation, choix de plateforme agréée… Suivez nos conseils pour vous préparer à la réforme !
  
  

Qu’est-ce qu’une facture électronique ?

Il est important de le rappeler : la facture électronique n’est pas une facture envoyée par mail. Appelée aussi e-invoicing, il s’agit d’une facture émise dans un format structuré, conçu pour intégrer directement un système informatique. C’est un socle de données structurées qui facilite la transmission à l’administration fiscale.

Mais quelle est la différence avec la facture PDF ou le simple scan envoyé par mail ? En fait, c’est le mode de conception et de transmission qui changent. La facture PDF ou scannée est produite sur votre ordinateur et vous l’envoyez au client. Alors que l’e-invoicing est intégrée à une plateforme. 

Clients et fournisseurs doivent utiliser des plateformes qui ont reçu l’agrément de l’administration fiscale. Ces PA concernent les flux de facturations B2B. Pour les professionnels, l’e-invoicing présente beaucoup d’avantages :

• rapidité d’exécution ;
• meilleure gestion comptable avec un outil centralisé ;
• simplification des échanges commerciaux ;
• diminution des coûts grâce à la dématérialisation ;
• traçabilité des opérations de ventes et d'achats en France et à l’international ;‍
• sécurisation des transactions en ligne.

🔎 Attention ! L’e-invoicing ne doit pas être confondue avec le e-reporting, qui devient aussi obligatoire dès 2026 pour toutes les grandes entreprises et ETI (et en 2027 pour toutes les entreprises assujetties à la TVA). Le e-reporting désigne l'obligation de transmission des données de transaction et de paiement imposée par l’Etat aux entreprises pour les opérations non couvertes par l’e-invoicing.

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Quels micro-entrepreneurs sont concernés par la facturation électronique ?

Vous vous demandez peut-être : suis-je concerné par la facturation électronique ou pas ?  

Spoiler : OUI, toutes les micro-entreprises sont concernées dès septembre 2026 ! Voici plus de détails…

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Micro-entrepreneurs en franchise de base de TVA : concernés en 2026 pour recevoir les factures et en 2027 pour émettre

Par défaut, le régime d'auto-entrepreneur bénéficie de la franchise de base de TVA s’il ne dépasse pas un certain seuil de chiffre d’affaires (CA). Il est concerné en deux temps par la réforme : 

• le 1er septembre 2026 pour la réception des factures de ses fournisseurs ;
• le 1er septembre 2027 pour l’émission des factures aux clients.

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Micro-entrepreneurs en régime TVA réel, simplifié ou normal : concernés dès 2026 pour recevoir et en 2027 pour émettre

Pour les auto-entrepreneurs en régime de TVA réel, simplifié ou normal, la réforme s’applique de la même façon que pour ceux en franchise de base : ils devront assurer la réception des factures électroniques dès le 1er septembre 2026. Pour leur émission, l’obligation s’applique à partir du 1er septembre 2027.

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Les micros-entrepreneurs exonérés (médical, ONG…) : concernés dès 2026 pour recevoir, pas pour émettre

Certains professionnels sont exonérés de TVA par nature (enseignement, médical, ONG…). L’article 261-4 du code général des impôts liste par ici toutes les activités concernées.

Ces activités sont concernées par l’obligation de réception dès le 1er septembre 2026. En revanche, même en 2027, elles ne seront pas obligées d’envoyer leurs factures via une PA.

🔎 Attention ! Certains auto-entrepreneurs exerçant une activité exonérée de TVA par nature peuvent aussi avoir des activités annexes qui incluent de la TVA (par exemple, un médecin qui réalise des ventes de compléments alimentaires). Dans ce cas, il sera aussi obligatoire d’émettre une facture électronique à partir du 1er septembre 2027 pour l’activité ventes.

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Les cas des clients exonérés

Si votre client n’est pas assujetti à la TVA, vous n’êtes pas obligé d’envoyer une facture électronique. Les clients suivants ne sont pas concernés par la réforme : 

• professions exonérées selon l’article 261-4 du CGI ;
• particuliers ;
• ONG ;
• clients internationaux ;
• entreprises établies dans les communautés d’Outre-mer.

Cas concret : vous êtes consultant et vos clients sont des ONG ou des particuliers. Vous n'avez pas l'obligation de leur envoyer une facture électronique : une facture PDF suffit. Vous devrez toutefois mentionner cette facture via le e-reporting afin de tenir au courant l’administration fiscale.

🔎 Précisions : Il faut bien comprendre les notions « d'assujetti à la TVA », « exonéré de TVA » ou de « franchise de base de TVA ». Assujetti signifie que vous êtes potentiellement concerné par la TVA... Si vous êtes en franchise de base, vous faites donc partie des assujettis. En revanche, si vous êtes exonéré par la nature de votre activité, vous n’êtes pas assujetti.

Quelles sont les dates de mise en place de la facturation électronique pour les auto-entrepreneurs en 2026 et 2027 ?

Mise en place de la facturation électronique : le calendrier 2026-2027 pour les auto-entrepreneurs

Exemples concrets de facturation électronique pour auto-entrepreneur

Si la réforme n’est pas assez claire pour vous, voici deux exemples concrets qui illustrent les obligations de facturation électronique en micro-entreprise.

Exemple 1

Édouard, micro-entrepreneur, déclare des BNC et enregistre un CA annuel de 50 000 € : il est donc redevable de la TVA. Ses échéances pour être en conformité sont : 

1. Choisir une des plateformes agréées avant le 1er septembre 2026 (une liste a été fournie par le gouvernement).
2. Être capable de recevoir des factures électroniques à partir du 1er septembre 2026.
3. Transmettre le e-reporting à partir du 1er septembre 2027 à l’administration. 
4. Être capable de recevoir et émettre des factures électroniques à partir du 1er septembre 2027. Il pourra toutefois continuer à émettre des factures PDF à ses clients particuliers et aux ONG ou entreprises étrangères (mais avec l’obligation de transmettre un e-reporting à l’administration fiscale à chaque facture émise).

Exemple 2

Julie, micro-entrepreneuse, déclare des BIC, dégage un CA annuel de 75 000 € (franchise de base de TVA). Ses échéances sont les mêmes qu’Edouard, car même si elle ne la déclare pas, ses actions se situent dans le champ de la TVA.

La seule différence, c’est que le e-reporting de Julie sera beaucoup plus simple à réaliser que celui d’Édouard qui doit détailler ses opérations de TVA.

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 Quelles sont les obligations pour les auto-entrepreneurs soumis à la facturation électronique ?

Connaître les nouvelles mentions légales

 Vous devrez ajouter quatre nouvelles mentions légales aux factures électroniques : 

• Siren du client (s’il s’agit d’une entreprise) ;
• adresse de livraison des biens si différente de l’adresse du client ; 
• nature des prestations facturées (par exemple, « prestation de services », « livraison de biens », etc.) ;
• mention de l’option de paiement de la TVA sur les débits, le cas échéant.

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Sanctions en cas de non respect de la facturation électronique 

Les entreprises devront s’acquitter d’amende en cas de non-respect des nouvelles réglementations :  

• 50 € d’amende par facture non éditée au bon format (avec un plafond de 15 000 € par an).
• 500 € d’amende pour non transmission du e-reporting (plafond à 15 000 € par an).
• Les entreprises qui n’adhèrent pas à une PA devront s’y conformer dans les 3 mois suivant la contestation de la faute. Passé ce délai, une amende de 500 € s’applique (puis 1 000 € supplémentaires à chaque trimestre, tant que la situation n’est pas régularisée).

🔎 Attention ! En cas de manquement, la TVA ne sera pas déductible et votre rémunération sera impactée…

Mais pas de panique ! La réforme de la facturation électronique constituant un grand bouleversement dans la gestion quotidienne d’une entreprise, l’administration a prévu de ne pas être trop sévère les premiers mois… Mais vous ne devrez pas tarder à vous mettre à jour car la clémence de l’administration fiscale ne sera que de courte durée !

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Les 5 erreurs à éviter avant le passage à la facturation électronique pour micro-entrepreneur

Voici quelques erreurs à éviter pour vous adapter à la réforme en tant qu’entreprise : 

• Se préparer trop tard : si vous ne sélectionnez pas rapidement un logiciel, vous serez dans l’urgence de respecter l’obligation de PA au 1er septembre 2026 alors que vous pouvez déjà amorcer votre transition en douceur et vous approprier votre nouvel outil.
• Choisir une PA non adaptée à vos besoins (logiciel, prix, fonctionnalités, formats). Checkez les avis utilisateurs avant de vous engager.
• Ne pas inscrire son entreprise dans l’annuaire dédié : cela peut entraîner un rejet de facture ou des retards de paiement.
• Négliger le e-reporting : toute transmission non effectuée peut vous coûter cher.
• Négliger la formation de vos équipes : si vous avez des salariés, il est impératif de bien les former sur le nouveau logiciel pour ne pas perdre de temps au moment du lancement effectif de la réforme.
  
  

Exemple d’une facture électronique propre et légal

Reprenons l’exemple d’Édouard.

Émetteur (vendeur)

‍Édouard Martin
Micro-entrepreneur – Activité de conseil (BNC)
SIREN : 123 456 789
N° TVA intracommunautaire : FR12 123456789
Adresse : 10 rue des Entrepreneurs, 75000 Paris

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Client (acheteur)

‍Société ABC Consulting
SIREN : 987 654 321
N° TVA : FR98 987654321
Adresse : 25 rue ABC, 69000 Lyon

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Informations de facture

• Numéro de facture : F2027-001
• Date d’émission : 15/09/2027
• Date de livraison / prestation : 14/09/2027
• Mode de paiement : Virement bancaire
• Date d’échéance : 30/09/2027

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Détails de la prestation

Description : prestation de conseil stratégique
Quantité : 1
Prix unitaire HT : 1 000 €
Total HT : 1 000 €

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Totaux

Total HT : 1 000 €
TVA (20%) : 200 €
Total TTC : 1 200 €

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Mentions obligatoires

• TVA exigible sur les encaissements
• Pénalités de retard : taux légal en vigueur
• Indemnité forfaitaire pour les frais de recouvrement : 40 €

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Informations techniques (facturation électronique)

• Format : Factur-X (PDF + données structurées XML)
• Plateforme de dématérialisation : PA XXX

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Comment se préparer à la facturation électronique en tant qu’auto-entrepreneur ? 

Vous l’avez compris, il ne faut pas tarder à vous préparer aux factures électroniques en tant qu’entreprise. Pour cela, vous devrez vite anticiper les prochaines échéances en vous projetant déjà sur septembre 2026. Voici les étapes à suivre : 

→ Adhérer à une plateforme agréée (PA). Les entreprises doivent adhérer à une PA : il s’agit de logiciels privés certifiés par l’Etat qui permettent d’éditer, suivre, transmettre et réceptionner des factures électroniques.

→ S’équiper d’un logiciel de facturation conforme et compatible si votre PA ne vous le propose pas (ce qui est rare). Si vous avez déjà un logiciel, assurez-vous de sa compatibilité avec la réforme. Sinon, consultez bien les avis utilisateurs avant de vous engager avec un logiciel.

→ Comprendre les formats de facture : aujourd’hui, seuls 3 formats sont acceptés, à savoir Factur-X, Universal Business Language (UBL) et Cross Industry Invoice (CII).

• Factur-X est un format hybride et pratique qui combine un fichier de données PDF et un fichier de données XML.
• L’UBL est plutôt utilisé dans les échanges industriels et repose sur des données XML.
• Le CII, aussi basé sur des données XML, est plutôt utilisé dans l’e-commerce ou la grande distribution.
  
  

Quelle plateforme choisir pour créer ses factures électroniques quand on est auto-entrepreneur ?

→ Retrouvez notre top 8 des plateformes agréées pour vous aider à faire votre choix !

Gardez en tête que votre choix de PA ne doit pas être pris à la légère et les critères suivants doivent retenir votre attention : 

• adapté à votre activité ;
• simple et intuitive ;
• cohérente en termes de prix.

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💡 Astuce : Anticipez la réforme de la facture électronique en tant qu’auto-entrepreneur avec Kolecto et sa plateforme agréée 100 % incluse dans l’ensemble de ses forfaits. Kolecto est votre allié pour centraliser toute la gestion de votre micro-entreprise : factures, trésorerie, paiements et pré-comptabilité sont en effet réunis en un seul et même outil !

Kolecto propose jusqu’au 30 juin 2026 une offre à 0 € / mois pour les auto-entrepreneurs qui souhaitent adhérer à sa PA ! (voir conditions sur https://www.kolecto.fr/tarifs)

Pour vous mettre en conformité avec la réforme, consultez la check-list facturation électronique de Kolecto avec tous les points à anticiper.